Помощь в лечение детей, страдающих тяжелыми заболеваниями, - главная задача Благотворительного фонда «Под флагом Добра». 

Для более эффективной помощи тяжелобольным детям Фонд активно работает со многими медицинскими учреждениями и учреждениями, находящимися в ведении министерства социального развития:
20 федеральных специализированных научных центров,
22 научно-исследовательских института различного профиля 
19 клинических больниц 
20 областных, городских и районных больниц 
4 реабилитационных центра 
10 районных поликлиник 
10 медицинских училищ 
2 детских оздоровительных центра: ФДЦ «Смена» (Анапа) и ВДЦ «Орлёнок» (Туапсе).

Фонд оказывает помощь в лечении более 200 заболеваний и все они очень тяжелые: редкие наследственные заболевания, онкология, сердечно-сосудистые заболевания, гематологические и иммунологические проблемы, неврологические, психические и эндокринные заболевания, наследственные и врожденные отклонения, заболевания опорно-мышечного аппарата, последствия травм и аварий:

Анапластическая эпендиома
Ангиодисплазия верхней челюсти
Анемия Даймонда-Блекфана
Анемия Фанкони
Анкилоз
Анофальм
Аплазия левой кисти
Аплазия проксимального отдела правого бедра
Апластическая анемия
Атактический синдром
Атопический дерматит
Атрофия зрительного нерва
Аутоиммунный гепатит
Белково-калорийная недостаточность
Болезнь Шейрман-Мау
Болезнь Байлера
Болезнь Гиршпрунга
Болезнь Гоше
Болезнь Крона
Болезнь Легг-Кальве-Пертеса
Болезнь Наманна Пика
Бронхиальная астма
Бронхолегочная дисплазия
Булезный эпидермолиз
Вазоренальная гипертензия
Венозная дисплазия
Вирусный гепатит "С"
В-клеточная лимфома илеоцекального угла
ВПС.Тетрада Фалло
Врожденная анафтальмия
Врожденная аномалия левой голени и стопы
Врожденная аномалия мочевыводящей системы
Врожденная аномалия развития кищечника
Врожденная аномалия развития конечностей
Врожденная аномалия развития правой нижней конечности
Врожденная аномалия ЦНС
Врожденная воронкообразная деформация грудной клетки
Врожденная гиперплазия коры надпочечников
Врожденная двусторнняя косолапость
Врожденная катаракта обоих глаз
Врожденная мышечная дистрофия
Врожденная экстромелия
Врожденная ядерная катаракта обоих глаз
Врожденный агранулоцитоз
Врожденный артрогрипоз
Врожденный вывих правого бедра
Врожденный гидронефроз
Врожденный кифоскотоз
Врожденный порок развития (волчия пасть, заячья губа)
Врожденный порок развития вен
Врожденный порок развития желудочно-кишечного тракта
Рубец гортани
Рубцовая деформация пищевода
Сагиттальный синогстоз
Саркома мочевого пузыря
Саркома мягких тканей
Саркома Юинга
Сахарный диабет
Сенсоневральная тугоухость
Симптоматическая парциальная эпилепсия
Синдактилия
Синдром WPW
Синдром Аперта
Синдром Гольденхара
Синдром Дауна
Синдром жаберных дуг
Синдром Йохансона-Близзарда
Синдром Картагенера
Синдром Картагенера
Синдром короткой кишки
Синдром Мардена Уолкера
Синдром Марфана
Синдром Секкеля
Синдром Сетр-Котцена
Синдром слабости синусового узла
Синдром удлиненного интервала QT
Синдром врожденной центральной гиповентиляции
Синдром Юинга
Синкопальные состояния неясной этиологии
Системная склеродермия
Следствия перенесенной ЧМТ
Состояние после перенесенного термического ожога
Состояние после трансплантации донорской печени
Врожденный порок развития ЦНС
Врожденный порок сердца Галактоземия
Гемангиома
Гемолитико-уремический синдром
Гемофилия
Гидроцафалия
Гистеоцитоз
Глеобластома
Гликогенез
Гликогеновая болезнь
Глутаровая ациденемия
Глутаровая ацидурия
Гомоцистеинурия
Детский церебральный паралич
Деформация грудной клетки
Деформация шейно-грудного отдела
Дисплазия вен, пищевода и кардии
Дисплазия дисков зрительных нервов
Дисплазия позвоночника
Дисплазия почек
Дисплазия правого тазобедренного сустава
Дифференцированно-токсический зоб
Диффузная глиома ствола головного мозга
Долихосигма
ДЦП
Желудочковая тахикардия
Заболевания сердца
Злокачественная мезотелиома
Злокачественная опухоль головного мозга
Идиопатическая тромбоцитопеническая пурпура
Иммунная недостаточность
Иммунная тромбоцитопеническая пурпура
Интрадуллярная опухоль спинного мозга
Интрамедулярная опухоль
Ишемически гипоксическое поражение ЦНС
Кавернозная ангиома
Катехоламинергическая
Кистозное поражение правого легкого
Клоака, 2-х сторонний мегауретер
Колобома верхнего века
Контузия тяжелой степени
Краниосиностоз
Левосторонний хронический отит
Легечная гипертензия
Легочная гипертензия
Лейкодистрофия
Лейциноз
Лимфома Беркитта
Лимфоэпителиомная карцинома
Малые мозговые дисфункции
Мегаректум
Мезинхимальная тамартома
Мелилмалоновая ацидурия
Миелодисплазия поясничного отдела
Миопия
Сочетанный врожденный порок развития ЦНС
Спинальная амиотрофия Верднига-Гоффмана
Спино-мозговая грыжа
Стойкие резидуальные последствия тяжелой открытой черепно-мозговой травмы
Суколиоз
Тирозинемия
Тромбоцитопеническая пурпура
Туберкулезный спондилит
Туберозный склероз
Туболопатия
Утопление в пресной воде
Фенилкетонурия
Функциональная диспепсия
Хондросаркома
Хроническая болезнь почек
Хроническая иммунная тромбоцитопения
Хронический герпес
Хронический гломерулонефрит
Хронический мнелолейкоз
Хронический тубулоинтерсити-циальный нефрит
Хроническое трахеальное канюленосительство
Х-сцепленная адренолейко-дистрофия
Целиакия
Циклоспориновая нефропатия
Цирроз печени
Цистиноз.ХНП
Цитомеголовирусная инфекция
Шунтозависимая гидроцефалия
Электротравма
Эмбриональная рабттомиосаркома
Множественная экзостозная хондролисплазия
Множественные пороки развития
Муковисцидоз
Мукополисахаридоз
Нарушение ритма сердца
Недостаточность Биотинидазы
Нейробластома
Нейросенсорная тугоухость
Нейрофиброматоз
Нейроэндокринная опухоль
Несовершенный остеогенез
Неспецифический язвенный колит
Ниманна Пика
Опухоль Вилмса
Опухоль головного мозга
Органическое поражение ЦНС
Остеобластокластомы
Остеогенная саркома
Остеоид-остеома
Остеосаркома
Остеохондроз
Острый лейкоз
Очаговая склеродермия
Папиллома хориодального сплетения
Папилломатоз
Пароксимальная тахикардия
Первичный иммунодефицит
Переходная липома конуса спинного мозга
Перинатальня патология головного мозга
Пигментный невус
Пинеоцитома головного мозга
Плевропульмональная бластома
Повреждение спинного мозга, диплегия
Полиоссальная форма дисплазии
Порок развития челюстно - лицевой области
Портальная гипертензия
Последствия клещевого инцефалита
Последствия краниофациальной травмыТравматический синовиит
Последствия перитониальной патологии ЦНС
Последствия спино-мозговой травмы
Послеожоговая деформация лица
Послеожоговые келоидные рубцы
Постгипоксическая энцефалопатия
Посттравматическая частичная ампутация стоп
Привычный вывих левого плеча
Посттравматический церебральный арахноидит
Преждевременное половое развитие
Пропионовая ацидемия
Рабдомиосаркома
Рассеянный склероз
Ретинопатия недоношенных
Ретинопатия недоношенных
Рецидивирующий вентрикулит
Рецидивирующий кератит смешанного генеза
Энцефалопатия неуточненная
Эпилепсия
Ювенильный ревматоидный артрит
Юношеский эпифизиолиз